MTの「最近のコメント」表示部分で、コメントの投稿者欄が未入力だと空白になっちゃうのをどうにかできないかと調べてみたら、デフォルト名を指定できるとか。これで、無記名で投稿された際に表示する名前を設定できます。
管理画面から デザイン → ウィジェット、ウィジェットテンプレートで「最近のコメント」を以下のように修正します。
<mt:Unless name="ignore_recent_comments">
<mt:If tag="BlogCommentCount">
<mt:Comments lastn="10" sort_order="descend">
<mt:CommentsHeader>
<div class="widget-recent-comments widget">
<h3 class="widget-header">最近のコメント</h3>
<div class="widget-content">
<ul class="widget-list">
</mt:CommentsHeader>
<li class="widget-list-item"><$mt:CommentAuthor default="[匿名]"$> から <a href="<$mt:CommentLink$>" title="<mt:CommentEntry><$mt:EntryTitle$></mt:CommentEntry> のコメントを見る"><mt:CommentEntry><$mt:EntryTitle$></mt:CommentEntry></a></li>
<mt:CommentsFooter>
</ul>
</div>
</div>
</mt:CommentsFooter>
</mt:Comments>
</mt:If>
</mt:Unless>
<$mt:CommentAuthor$> を <$mt:CommentAuthor default="[匿名]"$> といった具合に属性を追加します。Anonymous とか、名無しさん とかいろいろどうぞ。
参考
コメント投稿者欄が無記名の時に代替名を表示する (小粋空間)
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